當需要保護使用者和環境時，必須使用生物安全柜。在BSC中，有幾種級別的選擇和不同級別的保護。

• 一級生物安全柜僅用于保護操作人員。

• II級和III級可保護產品或樣本，用戶以及環境免受污染。

• II級機柜可通向工作區，而III級BSC（通常稱為雜物箱）可在用戶和工作區域之間提供屏障。

• III級生物安全柜對于與任何4級生物安全劑或其他危險材料（如病原體或毒素的氣溶膠）一起使用至關重要。

生物安全柜按照平行模式在工作表面上形成單向層流。但是，凈化工作臺不是生物安全柜。凈化工作臺配置為保護工作臺上的工作。由于氣流將氣溶膠或微粒從工作表面推向操作員，因此它們不能保護操作員。

在需要生物安全的地方，可針對人員，工作表面以及環境保護，防止空氣中的微粒和生物物質進入。該機柜在運行期間會在機柜內部保持負壓，以防止污染物逸出工作區域。

進入的空氣在開口處被捕獲并通過HEPA過濾器。空氣以層流模式向下流動到工作表面，在那里空氣分裂并重新進入氣室。在這里，70％的空氣進行再循環，而30％的空氣通過另一個HEPA過濾器排出到房間。